学校教育，偏离了教育的核心目标
现代教育制度，是一种工业化教育制度，工业化时代的价值观念和思维方式决定了现代的学校制度和人才培养模式。已故国家图书馆馆长任继愈先生对此感叹：“跟蒸包子一样一屉一屉的，出来一个模样”。
现代学校被深深地烙上了工业化的印记。学校是工厂，教室是流水线，学生则成为流水线上的产品。流水线上的产品没有生命，不需要个性，只要具备特定功能，能够满足预期需要即可，同样的生产线生产出同样型号、具备同样的功能的产品。学校教育用这种工业化生产的方式，大规模、大批量地生产制造完全相同的产品--学生，不管他们的天性如何，不论男孩还是女孩，孩子们被相同的教育模式规范教育成同一类型的人。
在这样的学校教育下，教育就是书本学习，几乎否定了孩子们获取知识的其他途径，如动手实践。在这样的学校教育下，教育就是接受学校教育，否定了孩子们自主学习的能力。教育对孩子来说，越来越成为一种被强迫从事的艰苦劳动，而不是充满乐趣的身体和心智成长过程。可以说，现代学校教育已经偏离了它的核心目标。因此，男孩危机不仅仅是男孩教育的危机，而是整个教育体制的危机。
学校教育，漠视性别差异
男孩与女孩在许多方面存在性别差异，但长期以来，我们的教育忽视了性别差异的存在及其影响。
从生理学的角度来看，上学开始的那一天起，男孩在读写能力发育上就比女孩晚两年。然而人们往往要求男孩和女孩在相同时间内以同样的方法学习同样的知识。男孩甚至连手指神经都比女孩发育得晚，因此让男孩握住铅笔并写出横平竖直的汉字更加困难。这些发育上的差异往往使男孩被视作笨或迟钝，这使他们从一年级开始就讨厌学校。
麦吉尼斯博士甚至还指出：教育简直就是专门与男生的天资和倾向作对的阴谋诡计。
工业化的思维方式导致现行学校教育漠视、忽视或者无视性别差异的存在，从而危害到男孩的学业以及其它方面。在现在的学校，学习常常是一种模式化的智力活动，活泼好动的男孩身体被固定在座位上，天马行空的精神世界更无处张扬；不管男孩的身体和心理发展速度与女孩有多大的不同，他们的优势智能又表现在多么不同的方面，他们只能与女孩在同样的年龄以同样的进度学习同样的内容。
华东师大教育科学学院教授、博士生导师张华认为，男孩教育和女孩教育首先是两种有差异的儿童文化。“既然有差异，我们就不能简单以女孩为标准来衡量男孩，或者反过来以男孩为标准来衡量女孩。”
